Po studijų Nicos dekoratyvinių menų mokykloje, kur režisavo pirmuosius trumpametražius filmus, Janas Kounenas pradėjo dirbti operatoriaus asistentu ir režisieriumi muzikiniuose vaizdo klipuose bei dokumentiniuose filmuose. 1989 m. jis sukūrė trumpametražį filmą "Gisèle Kérosène", kuris Avoriaz fantastinių filmų festivalyje buvo apdovanotas Didžiuoju prizu. Devintojo dešimtmečio pradžioje Kounenas dirbo reklamos srityje ir sukūrė du labai gerai įvertintus trumpametražius filmus "Vibroboy" ir "Raudonkepuraitė", pastarajame dirbo su Emmanuelle Béart. 1996 m. jis sukūrė savo pirmąjį pilnametražį filmą apie ekscentrišką ir žiaurią dobermanų veislės šunį, kuriame pagrindinį vaidmenį atliko prancūzų aktorius Vincent'as Casselis. Po "Dobermanų" Janas Kounenas keliavo po Meksiką ir Peru, kur gilinosi į šamanų kultūrą, o 2004 m. sugrįžo su vesternu "Mėlynbarzdis", garsaus komikso adaptacija, kurioje pagrindinį vaidmenį suteikė Vincent'ui Cassel'iui. Tais pačiais metais jis tęsė šamanizmo studijas dokumentiniais filmais "Kiti pasauliai" ir "Daršanas - apkabinimas" (2005). 2007 m. Kounenas pastatė komediją "99 frankai" - reklamos pasaulio satyrą, kurią sukūrė Jeanas Dujardinas. Dalyvavęs projekte "8", kuriame vykdė kampaniją už motinų sveikatos gerinimą pasaulyje, jis sukūrė filmą, kuriame įamžino Coco Chanel ir Igorį Stravinskį, vaizduojantį garsiosios siuvėjos ir rusų kompozitoriaus aistros ryšį.
